Neben der Zulassung hat der Gesetzgeber auch die Anwendung und Ausbringung von Pflanzenschutzmitteln reguliert. So ist sichergestellt, dass das Erntegut gesund bleibt und unerwünschte Auswirkungen auf die Umwelt nicht oder nur in einem sehr geringen Maß auftreten.
In Deutschland ist die Anwendung gemäß dem Pflanzenschutzgesetz nur „nach guter fachlicher Praxis“ erlaubt. Dieser auf den ersten Blick eher schwammige Begriff umfasst eine Vielzahl konkreter Vorgaben. Vor allem legt stets den aktuellen technischen, organisatorischen und biologisch-technischen Kenntnisstand zugrunde und verlangt, dass die Grundsätze des Integrierten Pflanzenschutzes Beachtung finden.
Dieses Schlagwort ist im Pflanzenschutzgesetz definiert als eine „Kombination von Verfahren, bei denen unter vorrangiger Berücksichtigung biologischer, biotechnischer, pflanzenzüchterischer sowie anbau- und kulturtechnischer Maßnahmen die Anwendung chemischer Pflanzenschutzmittel auf das notwendige Maß beschränkt wurde.“ Bleibt die Frage: Was genau ist notwendig?
Grob vereinfacht lautet die Antwort: So wenig wie möglich, so viel, wie nötig. Notwendig ist immer genau diejenige Menge an Pflanzenschutzmitteln, die den wirtschaftlichen Anbau einer Kulturpflanze sichert, nachdem der Landwirt oder Gärtner alle anderen praktikablen Möglichkeiten zur Abwehr und Bekämpfung von Schadorganismen (erfolglos) ausgeschöpft hat.
Wer Pflanzenschutzmittel verwenden will, ist stets an bestimmte Auflagen gebunden. Sie sollen eine möglichst effiziente und umweltschonende Ausbringung sicherstellen, etwa, indem sie Wartezeiten zwischen der letzten Anwendung und der Ernte festgelegen. Landwirte und Gärtner sind zudem verpflichtet, das Etikett und die Gebrauchsanleitung der von ihnen eingesetzten Mittel sorgfältig lesen und die Bestimmungen beachten. Tun sie dies nicht, drohen ordnungsrechtlichen Konsequenzen.